Retrieve a motif matrix

Get motif matrix for given assay

Usage

GetMotifData(object, ...)

# S3 method for class 'Motif'
GetMotifData(object, slot = "data", ...)

# S3 method for class 'ChromatinAssay5'
GetMotifData(object, slot = "data", ...)

# S3 method for class 'Seurat'
GetMotifData(object, assay = NULL, slot = "data", ...)

Arguments

object

A Seurat object

...

Arguments passed to other methods

slot

Information to pull from object (data, pwm, meta.data)

assay

Which assay to use. Default is the current active assay

Value

Returns a SeuratObject::Seurat() object

Examples

motif.obj <- SeuratObject::GetAssayData(
  object = atac_small[["peaks"]], slot = "motifs"
)
GetMotifData(object = motif.obj)
#> 100 x 10 sparse Matrix of class "lgCMatrix"
#>   [[ suppressing 10 column names 'MA0004.1', 'MA0006.1', 'MA0019.1' ... ]]
#>                                         
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . | . . | | . .
#> chr1:270850-271755   . . . | . . | . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . | . | .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . | . . . . . | . .
#> chr1:629538-630397   . . . | . . | | . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . | . .
#> chr1:778263-779184   . . . . | . | . . .
#> chr1:816878-817773   . . . . . | . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . | . . . . . . . .
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . | | .
#> chr1:854732-855551   | . . . . . | | . .
#> chr1:856152-857041   | . . . | . . . . .
#> chr1:857907-858672   | . . | . . . | . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . | . .
#> chr1:865460-866306   . . . | . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . | . | . . | | . .
#> chr1:876322-877105   | . . . | | . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . | . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . | . | | | .
#> chr1:898350-899223   . . . . | . | . . .
#> chr1:904344-905188   . | . . . . . . . |
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . | .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   | . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   | . . . . . . | . .
#> chr1:940016-940932   . | . . | . | . | .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . |
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . | . . . . | | . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   | | . . . . . . | .
#> chr1:975761-976723   . . | . | . | . . |
#> chr1:983865-984750   | . . | . . . | . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   | . . | . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . |
#> chr1:1000488-1001217 | | . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . | . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . | |
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . | | . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . | .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . | . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . | .
#> chr1:1040389-1041273 . | . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . | . . . . . | . |
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . |
#> chr1:1068591-1069593 . | . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 | . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . | | . . .
#> chr1:1103886-1104761 . | . . . . . | . .
#> chr1:1106514-1107086 . | . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . | .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 | . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . | . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . | .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . |
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . | .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 | . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . | . . . . | . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . | . . | | . .
#> chr1:1201061-1201938 . | . . . . . . . |
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . | . . .
#> chr1:1208906-1209549 . | . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 | . . . . . . . . |
#> chr1:1216631-1217510 | . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 | . . | . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 | . . | . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 | | . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 | | . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 | . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 | . . | . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 | . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . | . . | | . |
#> chr1:1264764-1265656 | | . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . | . . . . . . . |
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . | . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . | . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . | . | . . . . . |
GetMotifData(object = atac_small)
#> 100 x 10 sparse Matrix of class "lgCMatrix"
#>   [[ suppressing 10 column names 'MA0004.1', 'MA0006.1', 'MA0019.1' ... ]]
#>                                         
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . | . . | | . .
#> chr1:270850-271755   . . . | . . | . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . | . | .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . | . . . . . | . .
#> chr1:629538-630397   . . . | . . | | . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . | . .
#> chr1:778263-779184   . . . . | . | . . .
#> chr1:816878-817773   . . . . . | . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . | . . . . . . . .
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . | | .
#> chr1:854732-855551   | . . . . . | | . .
#> chr1:856152-857041   | . . . | . . . . .
#> chr1:857907-858672   | . . | . . . | . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . | . .
#> chr1:865460-866306   . . . | . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . | . | . . | | . .
#> chr1:876322-877105   | . . . | | . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . | . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . | . | | | .
#> chr1:898350-899223   . . . . | . | . . .
#> chr1:904344-905188   . | . . . . . . . |
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . | .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   | . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   | . . . . . . | . .
#> chr1:940016-940932   . | . . | . | . | .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . |
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . | . . . . | | . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   | | . . . . . . | .
#> chr1:975761-976723   . . | . | . | . . |
#> chr1:983865-984750   | . . | . . . | . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   | . . | . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . |
#> chr1:1000488-1001217 | | . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . | . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . | |
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . | | . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . | .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . | . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . | .
#> chr1:1040389-1041273 . | . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . | . . . . . | . |
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . |
#> chr1:1068591-1069593 . | . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 | . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . | | . . .
#> chr1:1103886-1104761 . | . . . . . | . .
#> chr1:1106514-1107086 . | . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . | .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 | . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . | . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . | .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . |
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . | .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 | . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . | . . . . | . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . | . . | | . .
#> chr1:1201061-1201938 . | . . . . . . . |
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . | . . .
#> chr1:1208906-1209549 . | . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 | . . . . . . . . |
#> chr1:1216631-1217510 | . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 | . . | . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 | . . | . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 | | . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 | | . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 | . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 | . . | . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 | . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . | . . | | . |
#> chr1:1264764-1265656 | | . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . | . . . . . . . |
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . | . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . | . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . | . | . . . . . |