Skip to contents

Feature Matrix

Source: R/quantification.R
FeatureMatrix.Rd

Construct a feature x cell matrix from a genomic fragments file

Usage

FeatureMatrix(
  fragments,
  features,
  fragtk = TRUE,
  keep_all_features = FALSE,
  cells = NULL,
  process_n = 2000,
  verbose = TRUE
)

Arguments

fragments

A list of Fragment() objects. Note that if setting the cells parameter, the requested cells should be present in the supplied Fragment objects. However, if the cells information in the fragment object is not set (Cells(fragments) is NULL), then the fragment object will still be searched.

features

A GRanges object containing a set of genomic intervals. These will form the rows of the matrix, with each entry recording the number of unique reads falling in the genomic region for each cell.

fragtk

Use fragtk for fast and memory-efficient data quantification. Can be TRUE/FALSE or a character vector. If TRUE, fragtk will be used and attempt to find the fragtk executable in the path. If FALSE, use the R implementation to produce the data matrix. If a character vector is provided, this should be the path to the fragtk executable and fragtk will be used. Note that fragtk uses the Paired Insertion Counting method, whereas the R implementation counts insertions. See https://crates.io/crates/fragtk for fragtk documentation. The R implementation (fragtk=FALSE) will be faster for quantifying a small number of genomic regions.

keep_all_features

By default, if a genomic region provided is on a chromosome that is not present in the fragment file, it will not be included in the returned matrix. Set keep_all_features to TRUE to force output to include all features in the input ranges. Note that features on chromosomes that are not present in the fragment file will be filled with zero counts.

cells

Vector of cells to include. If NULL, include all cells found in the fragments file

process_n

Number of regions to load into memory at a time, per thread. Processing more regions at once can be faster but uses more memory.

verbose

Display messages

Value

Returns a sparse matrix

Examples

fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package = "Signac")
fragments <- CreateFragmentObject(fpath)
#> Computing hash
FeatureMatrix(
  fragments = fragments,
  features = granges(atac_small),
  fragtk = FALSE
)
#> Extracting reads overlapping genomic regions
#> 100 x 76 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 76 column names ‘AAACTGCTCTTCCACG-1’, ‘AAACTGCCAGTAGGCA-1’, ‘AAACTGCAGGCAAGCT-1’ ... ]]
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . 1 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   2 1 1 1 1 2 1 . . 2 2 . . 1 2 3 4 5 1 2 1 3 3 1 2 2 5 3 4
#> chr1:816878-817773   . . . 1 1 . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . . . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . 2 . 2 . . 1 . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . 2 1 1 1 2 1 1
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   1 3 3 2 1 3 2 2 3 1 2 1 1 1 2 4 1 1 1 3 2 3 2 1 2 2 1 1 1
#> chr1:816878-817773   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . 1 1 2
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                         
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:816878-817773   . . . . 1 2 1 2 1 . . . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   2 . . . 2 1 . . 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . .