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Feature Matrix

Source: R/generics.R, R/quantification.R
FeatureMatrix.Rd

Construct a sparse feature x cell count matrix from one or more genomic fragment files. Rows of the returned matrix correspond to features (genomic intervals supplied in features) and columns correspond to cells. Each entry records the number of fragments from that cell overlapping that feature.

Usage

FeatureMatrix(object, ...)

# S3 method for class 'Seurat'
FeatureMatrix(object, features, assay = NULL, ...)

# S3 method for class 'ChromatinAssay5'
FeatureMatrix(object, features, cells = NULL, ...)

# S3 method for class 'Fragment2'
FeatureMatrix(object, features, cells = NULL, ...)

# Default S3 method
FeatureMatrix(
  object,
  features,
  cells = NULL,
  file.index = NULL,
  frag.cells = NULL,
  seqlevels = NULL,
  fragtk = TRUE,
  pic = TRUE,
  group = FALSE,
  keep_all_features = FALSE,
  process_n = 2000,
  bpcells = FALSE,
  bpcells.dir = NULL,
  verbose = TRUE,
  ...
)

Arguments

object

A SeuratObject::Seurat object, ChromatinAssay5 object, Fragment2 object, or a character path to a tabix-indexed fragment file.

...

Arguments passed to other methods.

features

A GenomicRanges::GRanges() object containing the genomic intervals to quantify. These form the rows of the returned matrix. A character vector of UCSC-style coordinates (e.g. "chr1:1-1000") is also accepted and will be coerced to a GRanges.

assay

Name of assay to use. If NULL, the default assay is used. The assay must be a ChromatinAssay5 with fragment information attached via Fragments().

cells

Character vector of cell barcodes to include as columns in the output. If NULL, all cells present in the fragment file(s) are included; this requires the R backend, since fragtk needs the set of cells up front (see fragtk). When called on a SeuratObject::Seurat or ChromatinAssay5 object, the assay's colnames are used as the default. Cell names are matched against the object-level names recorded in the Fragment2 cells slot; file-level barcodes are resolved internally.

file.index

Path to the tabix index (.tbi or .csi) for the fragment file. If NULL, the index is located automatically from the fragment file path (preferring .tbi when both are present). Only used by the R backend (fragtk = FALSE).

frag.cells

A named character vector mapping object-level cell names (the names()) to file-level barcodes (the values). Used to translate between the cell names used in a Seurat object and the barcodes written in the fragment file. Typically NULL when calling with a raw fragment file path; populated automatically when dispatched from a Fragment2 object via the cells slot.

seqlevels

A named character vector specifying a seqname conversion used to rename features to match the fragment file before quantification. The names of the vector are the seqnames as they appear in features and the values are the corresponding seqnames in the fragment file (e.g. c(chr1 = "1", chr2 = "2") to convert UCSC-style names to Ensembl). Row names of the returned matrix are mapped back to the original features seqnames after quantification, so the output always matches the input coordinate system regardless of what is stored on disk. Typically NULL for raw path input; set automatically from the Fragment2 seqlevels slot.

fragtk

Use the fragtk backend for quantification. TRUE (default) looks up fragtk on PATH; FALSE uses the R implementation; a character string is interpreted as an explicit path to the fragtk executable. The R backend is typically faster for small numbers of features (e.g. a handful of peaks); fragtk is faster for genome-scale quantifications. See https://crates.io/crates/fragtk.

pic

Use Paired Insertion Counting. If TRUE (default), each fragment contributes at most 1 count per feature, regardless of whether one or both insertion sites fall inside the feature. If FALSE, each insertion site (fragment start and end) is counted independently, so a fragment with both ends inside a feature contributes 2 counts.

group

Group features and sum counts across grouped rows. If FALSE (default), no grouping is performed and each feature becomes a row in the output. If TRUE, group by the first metadata column of features (from mcols(features)). If a character string, group by the named metadata column of features. Useful for collapsing exon- or transcript-level intervals to gene-level counts.

keep_all_features

By default, features on chromosomes not present in the fragment file are dropped with a warning. Set keep_all_features = TRUE to keep every feature in features; rows for absent chromosomes are filled with zeros. Only honored by the R backend (fragtk = FALSE).

process_n

Number of regions to load into memory at a time, per worker. Larger values can be faster but use more memory. Only affects the R backend.

bpcells

Logical. If TRUE, write the count matrix to disk in BPCells format at bpcells.dir and return a BPCells::IterableMatrix instead of an in-memory sparse matrix. Requires the BPCells package. Default FALSE.

bpcells.dir

Character. Path to a directory where the BPCells output will be written. Required when bpcells = TRUE. The directory must not already exist as a non-empty directory. Ignored when bpcells = FALSE.

verbose

Display progress messages.

Value

If bpcells = FALSE (the default) returns a sparse feature x cell Matrix::CsparseMatrix. If bpcells = TRUE, returns a BPCells::IterableMatrix backed by an on-disk BPCells directory.

Counting

Two counting schemes are supported:

  • Paired Insertion Counting (PIC, the default, pic = TRUE): each fragment contributes at most one count per feature, regardless of whether one or both insertion sites (fragment start and end) fall inside the feature. See Martens et al. (2024) doi:10.1038/s41592-023-02103-7 .

  • Insertion counting (pic = FALSE): each Tn5 insertion site is counted independently, so a fragment with both ends inside a feature contributes 2 counts.

Backends

Quantification is performed by one of two backends:

  • fragtk (default, fragtk = TRUE): fast, memory-efficient Rust implementation suitable for large feature sets or many fragment files. Requires the fragtk executable on PATH (or an explicit path passed as a character string to fragtk). See https://crates.io/crates/fragtk.

  • R implementation (fragtk = FALSE): a pure-R path built on Rsamtools::TabixFile(). Lower overhead for small feature sets (for example, a handful of peaks) and useful when fragtk is not installed.

Dispatch

FeatureMatrix is a generic function able to be called using multiple inputs. Methods are provided for SeuratObject::Seurat, ChromatinAssay5, Fragment2, and for a character fragment file path (default). Higher-level methods extract the fragment information they need and delegate to the default method, which operates directly on a single fragment file path.

When multiple fragment files are associated with an assay (for example, a merged dataset), each is quantified independently and the resulting matrices are merged by adding counts for shared cells and features. Cells that appear in only a subset of fragment files are still represented in the output (zero-filled for the files in which they are absent).

On-disk output via BPCells

Setting bpcells = TRUE writes the count matrix to disk in BPCells format at bpcells.dir and returns a BPCells::IterableMatrix instead of an in-memory sparse matrix. This is recommended for large datasets where the dense count matrix would not fit in memory. With the fragtk backend, the matrix is streamed from fragtk's 10x Matrix Market output into BPCells without materializing a dense in-memory copy. With the R backend, the matrix is built in memory first and then written out; the benefit there is on-disk persistence, not reduced memory use. bpcells.dir is required when bpcells = TRUE and must point to a directory that does not already exist or is empty. Requires the BPCells package.

See also

GenomeBinMatrix(), GeneActivity(), CreateFragmentObject(), Fragment2.

Examples

fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package = "Signac")
fragments <- CreateFragmentObject(
  path = fpath,
  cells = colnames(atac_small),
  validate.fragments = FALSE
)
#> Computing hash
Fragments(atac_small) <- fragments
FeatureMatrix(atac_small, features = granges(atac_small), fragtk = FALSE)
#> Extracting reads overlapping genomic regions
#> 100 x 100 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 100 column names ‘AAACGAAAGAGAGGTA-1’, ‘AAACGAAAGCAGGAGG-1’, ‘AAACGAAAGGAAGAAC-1’ ... ]]
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> chr1:778263-779184   . . 2 1 2 4 1 . . 2 . . . . . . . 1 . 2 1 5 2 1 1 1 5 4 2
#> chr1:816878-817773   . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   1 . . 1 1 . 2 1 . . . 1 . . . 1 . . 2 . 2 2 1 1 . 2 1 1 .
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> chr1:778263-779184   1 1 3 2 . 2 2 3 1 1 3 3 . 2 . 1 . 4 3 . . 1 . 2 1 . . 1 2
#> chr1:816878-817773   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . . . 1 1 . . . . . 1 . . . . 2 . 1 2 . . . . . . . . . .
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   . 2 . . . 3 1 . 2 . . . . . . 3 . 1 . 1 . 1 . 2 1 1 1 3 .
#> chr1:816878-817773   2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 2 2
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> chr1:827056-827941   1 . . . . 1 1 . . . 1 2 . . . . 1 . . . . 1 . . 1 . . . .
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                               
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . 1 . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   2 . . . 2 . 1 3 1 1 . 1 3
#> chr1:816878-817773   . . . . . 1 . . . 1 . . 2
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . . . 1 . 2 1 . . . . . .
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . .
fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package = "Signac")
FeatureMatrix(
  object = fpath,
  features = granges(atac_small),
  fragtk = FALSE
)
#> Extracting reads overlapping genomic regions
#> 100 x 76 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 76 column names ‘AAACTGCTCTTCCACG-1’, ‘AAACTGCCAGTAGGCA-1’, ‘AAACTGCAGGCAAGCT-1’ ... ]]
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . 1 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   2 1 1 1 1 2 1 . . 2 2 . . 1 2 3 4 5 1 2 1 3 3 1 2 2 5 3 4
#> chr1:816878-817773   . . . 1 1 . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . . . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . 2 . 2 . . 1 . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . 2 1 1 1 2 1 1
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                                               
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   1 3 3 2 1 3 2 2 3 1 2 1 1 1 2 4 1 1 1 3 2 3 2 1 2 2 1 1 1
#> chr1:816878-817773   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> chr1:827056-827941   . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . 1 1 2
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                         
#> chr1:9772-10660      . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:180712-181178   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:181200-181607   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:191183-192084   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:267576-268461   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:270850-271755   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:273946-274792   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:585753-586648   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:605079-605959   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:629538-630397   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:633579-634474   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:778263-779184   1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:816878-817773   . . . . 1 2 1 2 1 . . . . . . . . .
#> chr1:825323-825997   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:827056-827941   2 . . . 2 1 . . 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1
#> chr1:844135-844989   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:854732-855551   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:856152-857041   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:857907-858672   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:860139-860923   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:865460-866306   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:869458-870366   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:876322-877105   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:877256-878073   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:890356-891196   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:897006-897867   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:898350-899223   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:904344-905188   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:906494-907390   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:912460-913353   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:920759-921626   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:923353-924170   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:925410-926122   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:935093-935954   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:940016-940932   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:943054-943636   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:955190-956101   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:958863-959759   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:960325-961048   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:966548-967354   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:975761-976723   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:983865-984750   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:993329-994164   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:995556-996375   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:998676-999441   . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:999740-1000366  . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1000488-1001217 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1001698-1002476 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1004753-1005628 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1008923-1009812 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1012999-1013896 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1019089-1019953 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1027807-1028323 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1032718-1033630 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1038451-1039304 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1040389-1041273 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1059203-1060060 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1063699-1064592 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1068591-1069593 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1079455-1080338 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1092669-1093579 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1098941-1099797 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1103886-1104761 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1106514-1107086 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1107314-1108235 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1115790-1116694 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1121854-1122751 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1136258-1136912 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1137049-1137873 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1140665-1141034 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1143866-1144747 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1157456-1158077 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1165728-1166624 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1171563-1172488 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1173370-1174285 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1174988-1175803 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1188896-1189774 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1201061-1201938 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1206183-1207065 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1207866-1208674 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1208906-1209549 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1212684-1213459 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1216631-1217510 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1219105-1219995 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1221668-1222458 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1222590-1223380 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1231645-1232553 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1246286-1247224 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1250624-1251529 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1259851-1260705 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1261037-1261825 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1264764-1265656 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1273489-1274375 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1287495-1288325 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1289933-1290836 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1291564-1292473 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1299784-1300670 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1301689-1302543 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1305198-1306109 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1:1307720-1308738 . . . . . . . . . . . . . . . . . .