Construct a bin x cell matrix from a fragments file.
GenomeBinMatrix( fragments, genome, cells = NULL, binsize = 5000, process_n = 2000, sep = c("-", "-"), verbose = TRUE )
| fragments | Path to tabix-indexed fragments file or a list of
|
|---|---|
| genome | A vector of chromosome sizes for the genome. This is used to
construct the genome bin coordinates. The can be obtained by calling
|
| cells | Vector of cells to include. If NULL, include all cells found in the fragments file |
| binsize | Size of the genome bins to use |
| process_n | Number of regions to load into memory at a time, per thread. Processing more regions at once can be faster but uses more memory. |
| sep | Vector of separators to use for genomic string. First element is used to separate chromosome and coordinates, second separator is used to separate start and end coordinates. |
| verbose | Display messages |
Returns a sparse matrix
This function bins the genome and calls FeatureMatrix to
construct a bin x cell matrix.
# \donttest{ genome <- 780007 names(genome) <- 'chr1' fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package="Signac") fragments <- CreateFragmentObject(fpath)#>GenomeBinMatrix( fragments = fragments, genome = genome, binsize = 1000 )#>#> 781 x 54 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>#> #> chr1-1-1000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-1001-2000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-2001-3000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-3001-4000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-4001-5000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-5001-6000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-6001-7000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-7001-8000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-8001-9000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-9001-10000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-10001-11000 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-11001-12000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-12001-13000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-13001-14000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-14001-15000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-15001-16000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-16001-17000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-17001-18000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-18001-19000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-19001-20000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-20001-21000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-21001-22000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-22001-23000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-23001-24000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-24001-25000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-25001-26000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-26001-27000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-27001-28000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-28001-29000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-29001-30000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-30001-31000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-31001-32000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-32001-33000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-33001-34000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-34001-35000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-35001-36000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-36001-37000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-37001-38000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-38001-39000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-39001-40000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-40001-41000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-41001-42000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-42001-43000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-43001-44000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-44001-45000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-45001-46000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-46001-47000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-47001-48000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-48001-49000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-49001-50000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-50001-51000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-51001-52000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-52001-53000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-53001-54000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-54001-55000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-55001-56000 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-56001-57000 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-57001-58000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-58001-59000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-59001-60000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-60001-61000 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-61001-62000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-62001-63000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-63001-64000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-64001-65000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-65001-66000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-66001-67000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-67001-68000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-68001-69000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-69001-70000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-70001-71000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-71001-72000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-72001-73000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-73001-74000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-74001-75000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-75001-76000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-76001-77000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-77001-78000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-78001-79000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-79001-80000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-80001-81000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-81001-82000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-82001-83000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-83001-84000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-84001-85000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-85001-86000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-86001-87000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-87001-88000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-88001-89000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-89001-90000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-90001-91000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-91001-92000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-92001-93000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-93001-94000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-94001-95000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-95001-96000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-96001-97000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-97001-98000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-98001-99000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-99001-100000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-100001-101000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-101001-102000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-102001-103000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-103001-104000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-104001-105000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-105001-106000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-106001-107000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-107001-108000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-108001-109000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-109001-110000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-110001-111000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-111001-112000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-112001-113000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-113001-114000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-114001-115000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-115001-116000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-116001-117000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-117001-118000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-118001-119000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-119001-120000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-120001-121000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-121001-122000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-122001-123000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-123001-124000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-124001-125000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-125001-126000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-126001-127000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-127001-128000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-128001-129000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-129001-130000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-130001-131000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-131001-132000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-132001-133000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> 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