Get motif matrix for given assay
GetMotifData(object, ...) # S3 method for Motif GetMotifData(object, slot = "data", ...) # S3 method for Assay GetMotifData(object, slot = "data", ...) # S3 method for Seurat GetMotifData(object, assay = NULL, slot = "data", ...)
| object | A Seurat object |
|---|---|
| ... | Arguments passed to other methods |
| slot | Information to pull from object (data, pwm, meta.data) |
| assay | Which assay to use. Default is the current active assay |
Returns a Seurat object
#> 100 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix" #> MA0025.1 MA0030.1 MA0031.1 MA0051.1 MA0056.1 #> chr1:565107-565550 . . . . . #> chr1:569174-569639 . . . . . #> chr1:713460-714823 1 1 . . 1 #> chr1:752422-753038 . . . . . #> chr1:762106-763359 . 1 1 . 1 #> chr1:779589-780271 . . . . 1 #> chr1:793516-793741 . . . . . #> chr1:801120-801338 . . . . . #> chr1:804872-805761 . . . . 1 #> chr1:839520-841123 . . . . 1 #> chr1:841866-842572 . . . 1 . #> chr1:856165-857031 . . . . . #> chr1:858464-861548 . . . . 1 #> chr1:870713-871075 . . . . . #> chr1:873704-873830 . . . . . #> chr1:875427-878705 . 1 . 1 1 #> chr1:894021-896898 . 1 1 . 1 #> chr1:898315-898318 . . . . . #> chr1:901313-902847 . . . 1 1 #> chr1:911152-912038 . 1 . . . #> chr1:919270-919976 . 1 . . 1 #> chr1:925760-926165 . . . . . #> chr1:926725-927135 . . . 1 . #> chr1:928630-937949 1 . . . 1 #> chr1:939991-941002 . . . 1 . #> chr1:944476-944998 . . 1 . . #> chr1:948133-951142 . . . 1 1 #> chr1:954372-958413 . . . . 1 #> chr1:962218-962655 . . . . . #> chr1:967806-970136 . . . . 1 #> chr1:971362-971398 . . . . . #> chr1:973840-977754 . . . 1 1 #> chr1:978275-978602 . . . . 1 #> chr1:994056-995654 . . . . 1 #> chr1:997359-997774 . . . . 1 #> chr1:998895-1000200 . 1 . . 1 #> chr1:1002063-1006231 . . . . 1 #> chr1:1014697-1015912 . . . . 1 #> chr1:1034158-1035389 . . 1 . . #> chr1:1051006-1053102 . . 1 1 1 #> chr1:1057192-1058404 . . . . 1 #> chr1:1059663-1059950 . . . . . #> chr1:1071616-1073471 . . . . 1 #> chr1:1079247-1080264 . . . 1 1 #> chr1:1092026-1094240 . . . . 1 #> chr1:1101355-1101731 . . . . 1 #> chr1:1107056-1107833 1 . . . 1 #> chr1:1108888-1109641 . . . . 1 #> chr1:1124547-1124802 . . . . . #> chr1:1134508-1135192 . . . . . #> chr1:1135873-1137356 . . . . 1 #> chr1:1140204-1144858 . 1 1 . 1 #> chr1:1147592-1153647 . . . . 1 #> chr1:1154588-1155301 . . . . . #> chr1:1157222-1157824 . . . . . #> chr1:1166366-1168282 . . . . 1 #> chr1:1173312-1173499 . . . . . #> chr1:1181881-1182281 . . . . . #> chr1:1185856-1186893 . . . . 1 #> chr1:1195330-1196057 . . . . . #> chr1:1207999-1210168 . . . . 1 #> chr1:1225538-1225956 . . . . . #> chr1:1226995-1227705 . . . . 1 #> chr1:1229029-1229400 . . . . 1 #> chr1:1235400-1235791 . . . . . #> chr1:1237343-1237711 . . . . . #> chr1:1240091-1245762 . . . . 1 #> chr1:1246658-1247019 . . . . . #> chr1:1259506-1261414 . . . . 1 #> chr1:1273069-1273470 . . . . 1 #> chr1:1280218-1280357 . . . . . #> chr1:1283373-1285555 . . . . 1 #> chr1:1287098-1287386 . . . . . #> chr1:1288121-1291291 1 . . 1 1 #> chr1:1293753-1295053 . 1 . . . #> chr1:1306174-1308201 . . . . . #> chr1:1309645-1311492 . . . 1 1 #> chr1:1333514-1336003 1 . 1 . 1 #> chr1:1337323-1337799 . 1 . . . #> chr1:1341794-1343522 . 1 1 . 1 #> chr1:1355337-1355731 . . . . . #> chr1:1361935-1362825 . . . . 1 #> chr1:1369325-1371497 . . . . 1 #> chr1:1376178-1376717 . . . . 1 #> chr1:1397565-1398360 . . . . 1 #> chr1:1406028-1408272 . . . . 1 #> chr1:1440010-1441302 . . . 1 1 #> chr1:1446312-1448163 . 1 1 . 1 #> chr1:1475360-1476487 . 1 1 . 1 #> chr1:1509089-1511050 . . . . 1 #> chr1:1532373-1532401 . . . . . #> chr1:1532974-1533319 . . . . . #> chr1:1534779-1536172 . . . . 1 #> chr1:1542207-1543000 . . . . . #> chr1:1549446-1552535 1 . . . 1 #> chr1:1553343-1553743 . . . . . #> chr1:1555436-1556258 . . . . 1 #> chr1:1557272-1558191 . . . . 1 #> chr1:1559561-1559642 . . . . . #> chr1:1562519-1567986 . . . . 1GetMotifData(object = atac_small[['peaks']])#> 100 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix" #> MA0025.1 MA0030.1 MA0031.1 MA0051.1 MA0056.1 #> chr1:565107-565550 . . . . . #> chr1:569174-569639 . . . . . #> chr1:713460-714823 1 1 . . 1 #> chr1:752422-753038 . . . . . #> chr1:762106-763359 . 1 1 . 1 #> chr1:779589-780271 . . . . 1 #> chr1:793516-793741 . . . . . #> chr1:801120-801338 . . . . . #> chr1:804872-805761 . . . . 1 #> chr1:839520-841123 . . . . 1 #> chr1:841866-842572 . . . 1 . #> chr1:856165-857031 . . . . . #> chr1:858464-861548 . . . . 1 #> chr1:870713-871075 . . . . . #> chr1:873704-873830 . . . . . #> chr1:875427-878705 . 1 . 1 1 #> chr1:894021-896898 . 1 1 . 1 #> chr1:898315-898318 . . . . . #> chr1:901313-902847 . . . 1 1 #> chr1:911152-912038 . 1 . . . #> chr1:919270-919976 . 1 . . 1 #> chr1:925760-926165 . . . . . #> chr1:926725-927135 . . . 1 . #> chr1:928630-937949 1 . . . 1 #> chr1:939991-941002 . . . 1 . #> chr1:944476-944998 . . 1 . . #> chr1:948133-951142 . . . 1 1 #> chr1:954372-958413 . . . . 1 #> chr1:962218-962655 . . . . . #> chr1:967806-970136 . . . . 1 #> chr1:971362-971398 . . . . . #> chr1:973840-977754 . . . 1 1 #> chr1:978275-978602 . . . . 1 #> chr1:994056-995654 . . . . 1 #> chr1:997359-997774 . . . . 1 #> chr1:998895-1000200 . 1 . . 1 #> chr1:1002063-1006231 . . . . 1 #> chr1:1014697-1015912 . . . . 1 #> chr1:1034158-1035389 . . 1 . . #> chr1:1051006-1053102 . . 1 1 1 #> chr1:1057192-1058404 . . . . 1 #> chr1:1059663-1059950 . . . . . #> chr1:1071616-1073471 . . . . 1 #> chr1:1079247-1080264 . . . 1 1 #> chr1:1092026-1094240 . . . . 1 #> chr1:1101355-1101731 . . . . 1 #> chr1:1107056-1107833 1 . . . 1 #> chr1:1108888-1109641 . . . . 1 #> chr1:1124547-1124802 . . . . . #> chr1:1134508-1135192 . . . . . #> chr1:1135873-1137356 . . . . 1 #> chr1:1140204-1144858 . 1 1 . 1 #> chr1:1147592-1153647 . . . . 1 #> chr1:1154588-1155301 . . . . . #> chr1:1157222-1157824 . . . . . #> chr1:1166366-1168282 . . . . 1 #> chr1:1173312-1173499 . . . . . #> chr1:1181881-1182281 . . . . . #> chr1:1185856-1186893 . . . . 1 #> chr1:1195330-1196057 . . . . . #> chr1:1207999-1210168 . . . . 1 #> chr1:1225538-1225956 . . . . . #> chr1:1226995-1227705 . . . . 1 #> chr1:1229029-1229400 . . . . 1 #> chr1:1235400-1235791 . . . . . #> chr1:1237343-1237711 . . . . . #> chr1:1240091-1245762 . . . . 1 #> chr1:1246658-1247019 . . . . . #> chr1:1259506-1261414 . . . . 1 #> chr1:1273069-1273470 . . . . 1 #> chr1:1280218-1280357 . . . . . #> chr1:1283373-1285555 . . . . 1 #> chr1:1287098-1287386 . . . . . #> chr1:1288121-1291291 1 . . 1 1 #> chr1:1293753-1295053 . 1 . . . #> chr1:1306174-1308201 . . . . . #> chr1:1309645-1311492 . . . 1 1 #> chr1:1333514-1336003 1 . 1 . 1 #> chr1:1337323-1337799 . 1 . . . #> chr1:1341794-1343522 . 1 1 . 1 #> chr1:1355337-1355731 . . . . . #> chr1:1361935-1362825 . . . . 1 #> chr1:1369325-1371497 . . . . 1 #> chr1:1376178-1376717 . . . . 1 #> chr1:1397565-1398360 . . . . 1 #> chr1:1406028-1408272 . . . . 1 #> chr1:1440010-1441302 . . . 1 1 #> chr1:1446312-1448163 . 1 1 . 1 #> chr1:1475360-1476487 . 1 1 . 1 #> chr1:1509089-1511050 . . . . 1 #> chr1:1532373-1532401 . . . . . #> chr1:1532974-1533319 . . . . . #> chr1:1534779-1536172 . . . . 1 #> chr1:1542207-1543000 . . . . . #> chr1:1549446-1552535 1 . . . 1 #> chr1:1553343-1553743 . . . . . #> chr1:1555436-1556258 . . . . 1 #> chr1:1557272-1558191 . . . . 1 #> chr1:1559561-1559642 . . . . . #> chr1:1562519-1567986 . . . . 1GetMotifData(object = atac_small)#> 100 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix" #> MA0025.1 MA0030.1 MA0031.1 MA0051.1 MA0056.1 #> chr1:565107-565550 . . . . . #> chr1:569174-569639 . . . . . #> chr1:713460-714823 1 1 . . 1 #> chr1:752422-753038 . . . . . #> chr1:762106-763359 . 1 1 . 1 #> chr1:779589-780271 . . . . 1 #> chr1:793516-793741 . . . . . #> chr1:801120-801338 . . . . . #> chr1:804872-805761 . . . . 1 #> chr1:839520-841123 . . . . 1 #> chr1:841866-842572 . . . 1 . #> chr1:856165-857031 . . . . . #> chr1:858464-861548 . . . . 1 #> chr1:870713-871075 . . . . . #> chr1:873704-873830 . . . . . #> chr1:875427-878705 . 1 . 1 1 #> chr1:894021-896898 . 1 1 . 1 #> chr1:898315-898318 . . . . . #> chr1:901313-902847 . . . 1 1 #> chr1:911152-912038 . 1 . . . #> chr1:919270-919976 . 1 . . 1 #> chr1:925760-926165 . . . . . #> chr1:926725-927135 . . . 1 . #> chr1:928630-937949 1 . . . 1 #> chr1:939991-941002 . . . 1 . #> chr1:944476-944998 . . 1 . . #> chr1:948133-951142 . . . 1 1 #> chr1:954372-958413 . . . . 1 #> chr1:962218-962655 . . . . . #> chr1:967806-970136 . . . . 1 #> chr1:971362-971398 . . . . . #> chr1:973840-977754 . . . 1 1 #> chr1:978275-978602 . . . . 1 #> chr1:994056-995654 . . . . 1 #> chr1:997359-997774 . . . . 1 #> chr1:998895-1000200 . 1 . . 1 #> chr1:1002063-1006231 . . . . 1 #> chr1:1014697-1015912 . . . . 1 #> chr1:1034158-1035389 . . 1 . . #> chr1:1051006-1053102 . . 1 1 1 #> chr1:1057192-1058404 . . . . 1 #> chr1:1059663-1059950 . . . . . #> chr1:1071616-1073471 . . . . 1 #> chr1:1079247-1080264 . . . 1 1 #> chr1:1092026-1094240 . . . . 1 #> chr1:1101355-1101731 . . . . 1 #> chr1:1107056-1107833 1 . . . 1 #> chr1:1108888-1109641 . . . . 1 #> chr1:1124547-1124802 . . . . . #> chr1:1134508-1135192 . . . . . #> chr1:1135873-1137356 . . . . 1 #> chr1:1140204-1144858 . 1 1 . 1 #> chr1:1147592-1153647 . . . . 1 #> chr1:1154588-1155301 . . . . . #> chr1:1157222-1157824 . . . . . #> chr1:1166366-1168282 . . . . 1 #> chr1:1173312-1173499 . . . . . #> chr1:1181881-1182281 . . . . . #> chr1:1185856-1186893 . . . . 1 #> chr1:1195330-1196057 . . . . . #> chr1:1207999-1210168 . . . . 1 #> chr1:1225538-1225956 . . . . . #> chr1:1226995-1227705 . . . . 1 #> chr1:1229029-1229400 . . . . 1 #> chr1:1235400-1235791 . . . . . #> chr1:1237343-1237711 . . . . . #> chr1:1240091-1245762 . . . . 1 #> chr1:1246658-1247019 . . . . . #> chr1:1259506-1261414 . . . . 1 #> chr1:1273069-1273470 . . . . 1 #> chr1:1280218-1280357 . . . . . #> chr1:1283373-1285555 . . . . 1 #> chr1:1287098-1287386 . . . . . #> chr1:1288121-1291291 1 . . 1 1 #> chr1:1293753-1295053 . 1 . . . #> chr1:1306174-1308201 . . . . . #> chr1:1309645-1311492 . . . 1 1 #> chr1:1333514-1336003 1 . 1 . 1 #> chr1:1337323-1337799 . 1 . . . #> chr1:1341794-1343522 . 1 1 . 1 #> chr1:1355337-1355731 . . . . . #> chr1:1361935-1362825 . . . . 1 #> chr1:1369325-1371497 . . . . 1 #> chr1:1376178-1376717 . . . . 1 #> chr1:1397565-1398360 . . . . 1 #> chr1:1406028-1408272 . . . . 1 #> chr1:1440010-1441302 . . . 1 1 #> chr1:1446312-1448163 . 1 1 . 1 #> chr1:1475360-1476487 . 1 1 . 1 #> chr1:1509089-1511050 . . . . 1 #> chr1:1532373-1532401 . . . . . #> chr1:1532974-1533319 . . . . . #> chr1:1534779-1536172 . . . . 1 #> chr1:1542207-1543000 . . . . . #> chr1:1549446-1552535 1 . . . 1 #> chr1:1553343-1553743 . . . . . #> chr1:1555436-1556258 . . . . 1 #> chr1:1557272-1558191 . . . . 1 #> chr1:1559561-1559642 . . . . . #> chr1:1562519-1567986 . . . . 1