Construct a bin x cell matrix from a fragments file.
GenomeBinMatrix( fragments, genome, cells = NULL, binsize = 5000, chunk = 50, sep = c("-", "-"), verbose = TRUE )
| fragments | Path to tabix-indexed fragments file |
|---|---|
| genome | A vector of chromosome sizes for the genome. This is used to
construct the genome bin coordinates. The can be obtained by calling
|
| cells | Vector of cells to include. If NULL, include all cells found in the fragments file |
| binsize | Size of the genome bins to use |
| chunk | Number of chunks to use when processing the fragments file. Fewer chunks may enable faster processing, but will use more memory. |
| sep | Vector of separators to use for genomic string. First element is used to separate chromosome and coordinates, second separator is used to separate start and end coordinates. |
| verbose | Display messages |
Returns a sparse matrix
This function bins the genome and calls FeatureMatrix to
construct a bin x cell matrix.
gn <- 780007 names(gn) <- 'chr1' fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package="Signac") GenomeBinMatrix( fragments = fpath, genome = gn, binsize = 1000, chunk = 1 )#>#>#> 32 x 54 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>#> #> chr1-10001-11000 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-55001-56000 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-56001-57000 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-60001-61000 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-235001-236000 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-237001-238000 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-241001-242000 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-526001-527000 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-527001-528000 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-565001-566000 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-712001-713000 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-713001-714000 . . . 2 . . 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . #> chr1-714001-715000 2 1 . 1 1 . 1 3 1 1 1 . 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 #> chr1-715001-716000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-722001-723000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-723001-724000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-738001-739000 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-752001-753000 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 #> chr1-753001-754000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-754001-755000 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-755001-756000 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-757001-758000 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-762001-763000 . . . . . . . 1 . . . 1 . . . 1 1 1 . . . . . 1 . . 1 . 2 . #> chr1-763001-764000 . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-764001-765000 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-770001-771000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-771001-772000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-773001-774000 . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-777001-778000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-778001-779000 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-779001-780000 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-780001-780007 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> #> chr1-10001-11000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-55001-56000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-56001-57000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-60001-61000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-235001-236000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-237001-238000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-241001-242000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-526001-527000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-527001-528000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-565001-566000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-712001-713000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-713001-714000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-714001-715000 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-715001-716000 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-722001-723000 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-723001-724000 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-738001-739000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-752001-753000 . . . . . . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . #> chr1-753001-754000 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . #> chr1-754001-755000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-755001-756000 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . #> chr1-757001-758000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-762001-763000 . 1 . . . . 2 . 1 . . 1 . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 #> chr1-763001-764000 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-764001-765000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-770001-771000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . #> chr1-771001-772000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . #> chr1-773001-774000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-777001-778000 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-778001-779000 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> chr1-779001-780000 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . #> chr1-780001-780007 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .