Generates a cell-by-position matrix of Tn5 integration sites centered on a given region (usually a DNA sequence motif). This matrix can be used for downstream footprinting analysis.
CutMatrix( object, region, tabix.file = NULL, assay = NULL, cells = NULL, verbose = TRUE )
| object | A Seurat object |
|---|---|
| region | A GRanges object containing the region of interest |
| tabix.file | A TabixFile object. If NULL, the file specified in
|
| assay | Name of the assay to use |
| cells | Which cells to include in the matrix. If NULL (default), use all cells in the object |
| verbose | Display messages |
Returns a sparse matrix
fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package="Signac") atac_small <- SetFragments(atac_small, file = fpath) CutMatrix( object = atac_small, region = StringToGRanges("chr1-10245-762629") )#>#> 100 x 752385 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>#> #> AAACGAAAGAGCGAAA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAAGAGTTTGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAAGCGAGCTA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAAGGCTTCGC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAAGTGCTGAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAACAAGGGTAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAGTCAGGCTC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAGTGCCCGAT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAAGTTGTATCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAATCAGTTGAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAATCCTTACGC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAATCGTTTGAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACGAATCTGCCGAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGAGATGCGCA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGAGCATGATA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGAGCGCATTT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGAGTACTCTG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGAGTCACGCC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGAGTCTCTAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCAAAGAGAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCAAGCGAAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCACTCAGCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCACTTGCGG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCAGCGTCGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCATCACAGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGCATGTGGGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGGTCAGAAGC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGGTCATAGCT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGGTGGATTCT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGGTTTGATCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGTCAGGTCTA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGTCCACTAGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGTCCCAATAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGTCGATGTAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGTCTGGCACG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTCGTCTGGCGCA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCAGAATCAAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCAGAGTGGAA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCAGCAAGGTC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCAGCTCCATA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCAGTCTGTGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCCAACAAACA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCCAAGAGATT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCCAAGCCAGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCCACTTGCGG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCCATGTATCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTACTAGAA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTCATAGCT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTCATGAGG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTCGATTAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTGCATTCA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTGCTGAAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCGTTACCACA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCTCATTCATC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCTCCGTACGG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCTCCTATCCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCTCGTTCAGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAACTGCTCTGAGTAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGAGAAGGGCG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGAGCGAGAAA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGAGGCTAAAT-1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGAGTCCAGAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGAGTCGACCC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGAGTTATGAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCAACCTCTC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCAAGGTCGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCAAGTCTGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCACGTTACA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCAGCAACCC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCAGCACATT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCAGCGTCGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGCATGACTGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGTCCACACCT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGTCCTGAAAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGTCGCGGCAT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGTCGCTAGTA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGTCGTCGCAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGATGTCTAGCAGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATAGAACCATA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATAGAGAATTC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATAGAGGAACA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATAGTCTGGGA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATAGTGAGTTA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATCAAGGGAGG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATCACCACCAG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATCACGTTGTA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATCAGATGGCA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATCATGGAGGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATGTCCCTTTG-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATGTCGTAATC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATGTCTAAGAA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATGTCTCAAAC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATGTCTTAGCA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATGTGGACGAT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATTCACTACCC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATTCCAACCTC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATTCCGTCAAA-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATTCCTTACGC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATTCTATGAGC-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> AAAGGATTCTGAACGT-1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . #> #> AAACGAAAGAGCGAAA-1 . . . ...... #> AAACGAAAGAGTTTGA-1 . . . ...... #> AAACGAAAGCGAGCTA-1 . . . ...... #> AAACGAAAGGCTTCGC-1 . . . ...... #> AAACGAAAGTGCTGAG-1 . . . ...... #> AAACGAACAAGGGTAC-1 . . . ...... #> AAACGAAGTCAGGCTC-1 . . . ...... #> AAACGAAGTGCCCGAT-1 . . . ...... #> AAACGAAGTTGTATCG-1 . . . ...... #> AAACGAATCAGTTGAC-1 . . . ...... #> AAACGAATCCTTACGC-1 . . . ...... #> AAACGAATCGTTTGAG-1 . . . ...... #> AAACGAATCTGCCGAG-1 . . . ...... #> AAACTCGAGATGCGCA-1 . . . ...... #> AAACTCGAGCATGATA-1 . . . ...... #> AAACTCGAGCGCATTT-1 . . . ...... #> AAACTCGAGTACTCTG-1 . . . ...... #> AAACTCGAGTCACGCC-1 . . . ...... #> AAACTCGAGTCTCTAG-1 . . . ...... #> AAACTCGCAAAGAGAG-1 . . . ...... #> AAACTCGCAAGCGAAC-1 . . . ...... #> AAACTCGCACTCAGCG-1 . . . ...... #> AAACTCGCACTTGCGG-1 . . . ...... #> AAACTCGCAGCGTCGT-1 . . . ...... #> AAACTCGCATCACAGT-1 . . . ...... #> AAACTCGCATGTGGGA-1 . . . ...... #> AAACTCGGTCAGAAGC-1 . . . ...... #> AAACTCGGTCATAGCT-1 . . . ...... #> AAACTCGGTGGATTCT-1 . . . ...... #> AAACTCGGTTTGATCG-1 . . . ...... #> AAACTCGTCAGGTCTA-1 . . . ...... #> AAACTCGTCCACTAGA-1 . . . ...... #> AAACTCGTCCCAATAG-1 . . . ...... #> AAACTCGTCGATGTAC-1 . . . ...... #> AAACTCGTCTGGCACG-1 . . . ...... #> AAACTCGTCTGGCGCA-1 . . . ...... #> AAACTGCAGAATCAAC-1 . . . ...... #> AAACTGCAGAGTGGAA-1 . . . ...... #> AAACTGCAGCAAGGTC-1 . . . ...... #> AAACTGCAGCTCCATA-1 . . . ...... #> AAACTGCAGTCTGTGT-1 . . . ...... #> AAACTGCCAACAAACA-1 . . . ...... #> AAACTGCCAAGAGATT-1 . . . ...... #> AAACTGCCAAGCCAGA-1 . . . ...... #> AAACTGCCACTTGCGG-1 . . . ...... #> AAACTGCCATGTATCG-1 . . . ...... #> AAACTGCGTACTAGAA-1 . . . ...... #> AAACTGCGTCATAGCT-1 . . . ...... #> AAACTGCGTCATGAGG-1 . . . ...... #> AAACTGCGTCGATTAC-1 . . . ...... #> AAACTGCGTGCATTCA-1 . . . ...... #> AAACTGCGTGCTGAAG-1 . . . ...... #> AAACTGCGTTACCACA-1 . . . ...... #> AAACTGCTCATTCATC-1 . . . ...... #> AAACTGCTCCGTACGG-1 . . . ...... #> AAACTGCTCCTATCCG-1 . . . ...... #> AAACTGCTCGTTCAGA-1 . . . ...... #> AAACTGCTCTGAGTAC-1 . . . ...... #> AAAGATGAGAAGGGCG-1 . . . ...... #> AAAGATGAGCGAGAAA-1 . . . ...... #> AAAGATGAGGCTAAAT-1 . . . ...... #> AAAGATGAGTCCAGAG-1 . . . ...... #> AAAGATGAGTCGACCC-1 . . . ...... #> AAAGATGAGTTATGAG-1 . . . ...... #> AAAGATGCAACCTCTC-1 . . . ...... #> AAAGATGCAAGGTCGA-1 . . . ...... #> AAAGATGCAAGTCTGT-1 . . . ...... #> AAAGATGCACGTTACA-1 . . . ...... #> AAAGATGCAGCAACCC-1 . . . ...... #> AAAGATGCAGCACATT-1 . . . ...... #> AAAGATGCAGCGTCGT-1 . . . ...... #> AAAGATGCATGACTGT-1 . . . ...... #> AAAGATGTCCACACCT-1 . . . ...... #> AAAGATGTCCTGAAAC-1 . . . ...... #> AAAGATGTCGCGGCAT-1 . . . ...... #> AAAGATGTCGCTAGTA-1 . . . ...... #> AAAGATGTCGTCGCAG-1 . . . ...... #> AAAGATGTCTAGCAGT-1 . . . ...... #> AAAGGATAGAACCATA-1 . . . ...... #> AAAGGATAGAGAATTC-1 . . . ...... #> AAAGGATAGAGGAACA-1 . . . ...... #> AAAGGATAGTCTGGGA-1 . . . ...... #> AAAGGATAGTGAGTTA-1 . . . ...... #> AAAGGATCAAGGGAGG-1 . . . ...... #> AAAGGATCACCACCAG-1 . . . ...... #> AAAGGATCACGTTGTA-1 . . . ...... #> AAAGGATCAGATGGCA-1 . . . ...... #> AAAGGATCATGGAGGT-1 . . . ...... #> AAAGGATGTCCCTTTG-1 . . . ...... #> AAAGGATGTCGTAATC-1 . . . ...... #> AAAGGATGTCTAAGAA-1 . . . ...... #> AAAGGATGTCTCAAAC-1 . . . ...... #> AAAGGATGTCTTAGCA-1 . . . ...... #> AAAGGATGTGGACGAT-1 . . . ...... #> AAAGGATTCACTACCC-1 . . . ...... #> AAAGGATTCCAACCTC-1 . . . ...... #> AAAGGATTCCGTCAAA-1 . . . ...... #> AAAGGATTCCTTACGC-1 . . . ...... #> AAAGGATTCTATGAGC-1 . . . ...... #> AAAGGATTCTGAACGT-1 . . . ...... #> #> .....suppressing 752352 columns in show(); maybe adjust 'options(max.print= *, width = *)' #> ..............................