Get motif matrix for given assay
GetMotifData(object, ...)
# S3 method for Motif
GetMotifData(object, slot = "data", ...)
# S3 method for ChromatinAssay
GetMotifData(object, slot = "data", ...)
# S3 method for Seurat
GetMotifData(object, assay = NULL, slot = "data", ...)A Seurat object
Arguments passed to other methods
Information to pull from object (data, pwm, meta.data)
Which assay to use. Default is the current active assay
Returns a Seurat object
motif.obj <- SeuratObject::GetAssayData(
object = atac_small[['peaks']], slot = "motifs"
)
GetMotifData(object = motif.obj)
#> 323 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 10 column names 'MA0025.1', 'MA0030.1', 'MA0031.1' ... ]]
#>
#> chr1-713460-714823 . 1 . . 1 . . . . .
#> chr1-752422-753038 . . . . . . . . . .
#> chr1-762106-763359 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-779589-780271 . . . 1 . . . 1 1 .
#> chr1-804872-805761 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-839520-841123 . . . . 1 1 1 . . .
#> chr1-841866-842572 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-856165-857031 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-858464-861548 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-875427-878705 . 1 . 1 1 1 . . . .
#> chr1-894021-896898 . 1 1 . 1 . . . . .
#> chr1-901313-902847 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-911152-912038 . 1 . . 1 1 . . . .
#> chr1-919270-919976 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-925760-926165 . . . . . . . . . .
#> chr1-928630-937949 . . . . 1 1 1 1 1 1
#> chr1-939991-941002 . . . 1 1 1 . . . .
#> chr1-944476-944998 . . . . . . . . . .
#> chr1-948133-951142 . . . 1 1 1 . . . .
#> chr1-954372-958413 . . . . 1 1 . . 1 .
#> chr1-967806-970136 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-973840-977754 . . . 1 1 . . 1 . 1
#> chr1-994056-995654 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-998895-1000200 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-1002063-1006231 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-1014697-1015912 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-1034158-1035389 . . . . . . . . . 1
#> chr1-1051006-1053102 . . 1 1 1 1 . 1 . .
#> chr1-1057192-1058404 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-1071616-1073471 . . . . 1 . . 1 1 .
#> chr1-1079247-1080264 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-1092026-1094240 . . . . 1 1 . 1 . .
#> chr1-1108888-1109641 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1135873-1137356 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-1140204-1144858 . 1 1 . 1 . . . . .
#> chr1-1147592-1153647 . . . . 1 1 1 1 1 .
#> chr1-1154588-1155301 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1166366-1168282 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-1185856-1186893 . . . . . . 1 . . .
#> chr1-1207999-1210168 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-1226995-1227705 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-1240091-1245762 . . . . 1 1 1 1 . 1
#> chr1-1259506-1261414 . . . . 1 1 . 1 1 .
#> chr1-1283373-1285555 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1288121-1291291 1 . . 1 1 1 . . . .
#> chr1-1293753-1295053 . 1 . . 1 1 1 . . 1
#> chr1-1306174-1308201 . . . . 1 . . . 1 .
#> chr1-1309645-1311492 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-1333514-1336003 1 . 1 . 1 . . 1 . .
#> chr1-1337323-1337799 . 1 . . . . . . . .
#> chr1-1341794-1343522 . 1 1 . 1 1 . . . .
#> chr1-1361935-1362825 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-1369325-1371497 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1397565-1398360 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1406028-1408272 . . . . . . 1 . . .
#> chr1-1440010-1441302 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-1446312-1448163 . 1 1 . . . . . . .
#> chr1-1475360-1476487 . 1 1 . 1 1 . . . .
#> chr1-1509089-1511050 . . . . 1 . . . 1 .
#> chr1-1532974-1533319 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1534779-1536172 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-1542207-1543000 . . . . . 1 1 . . .
#> chr1-1549446-1552535 1 . . . . . . . . .
#> chr1-1553343-1553743 . . . . . . . . . .
#> chr1-1562519-1567986 . . . . 1 1 . 1 . .
#> chr1-1589986-1591117 . 1 . . . . . . . .
#> chr1-1597084-1597513 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1608771-1610748 1 1 . 1 1 . . . . .
#> chr1-1617619-1618183 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-1623610-1625141 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1655226-1656410 . 1 . . . . . . . .
#> chr1-1660021-1660414 . . 1 . . . . . . .
#> chr1-1677619-1678941 . . . . . . . . . .
#> chr1-1690269-1690749 . . . . . . . . . .
#> chr1-1695549-1696821 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1706795-1707660 . 1 . . 1 . . . 1 .
#> chr1-1708510-1715065 1 1 1 . 1 . 1 1 1 1
#> chr1-1727875-1728288 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1729436-1729707 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-1772973-1773995 . . . . . . . . . .
#> chr1-1780695-1781014 . . . . . . . . . .
#> chr1-1788464-1789189 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-1789961-1790535 . . . . . . . . . .
#> chr1-1797303-1797631 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-1800682-1801583 . . . . . . . . . .
#> chr1-1804025-1804468 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1812400-1813494 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1814487-1815655 . 1 . 1 . . . . . .
#> chr1-1817581-1818125 . . . . . . . . . 1
#> chr1-1819732-1824104 . . . 1 1 1 . . . .
#> chr1-1837423-1839193 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-1839727-1841458 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1849693-1853920 . . . 1 1 . . 1 . .
#> chr1-1875345-1875801 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1891426-1891854 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-1927576-1928068 . 1 . . 1 . . . . 1
#> chr1-1975839-1976906 . . . . . . . . . .
#> chr1-1980856-1982929 . . . . 1 . 1 1 . .
#> chr1-2023023-2023435 . . . . . . . . . .
#> chr1-2043788-2044372 . . . . . . . . . .
#> chr1-2046611-2047074 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2058137-2059185 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-2063672-2065744 . 1 . . 1 1 . . . .
#> chr1-2068827-2069139 . . . . . . . . . .
#> chr1-2071091-2071791 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2074156-2074747 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2077596-2078445 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-2079917-2080950 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-2082091-2083429 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2105657-2106319 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-2120455-2122065 . 1 1 . 1 . . . . .
#> chr1-2125466-2127403 . . . . 1 1 1 . . .
#> chr1-2130011-2131484 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2135022-2137621 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-2143708-2144981 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2155475-2156839 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-2157847-2188813 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
#> chr1-2189545-2192208 . . . 1 1 . . 1 . .
#> chr1-2206598-2208283 . . 1 . 1 . . . . .
#> chr1-2221250-2223390 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-2227715-2234197 . . . . 1 1 . 1 . 1
#> chr1-2236104-2237259 . 1 . . 1 . . . . .
#> chr1-2241757-2247855 . 1 1 . 1 1 . 1 . .
#> chr1-2312793-2314371 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-2322313-2323985 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2343197-2348396 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-2398568-2399841 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-2425108-2425944 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2426847-2429351 . . . . 1 1 . 1 . .
#> chr1-2430822-2432046 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-2454600-2456271 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-2456987-2458884 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-2460345-2462489 . . . . 1 1 . 1 . .
#> chr1-2471903-2481288 1 . . 1 1 1 1 1 . .
#> chr1-2486054-2489237 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-2489999-2490171 . . . . . . . . . .
#> chr1-2507261-2510518 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-2513019-2513577 . . . . . . . . . .
#> chr1-2515241-2519350 . 1 . 1 1 1 1 . . .
#> chr1-2573495-2575472 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-2585232-2586236 . . . . . . . . . .
#> chr1-2703118-2703609 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-2756472-2757468 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-2843088-2844374 . . . . . . . . . .
#> chr1-2949388-2950228 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-3232972-3233779 1 1 . . . . . . . .
#> chr1-3369629-3371833 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-3407512-3408483 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3446985-3448712 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-3481736-3482215 . 1 . . 1 . 1 1 . .
#> chr1-3513943-3514649 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-3527180-3529385 . 1 1 . 1 1 1 . . .
#> chr1-3535177-3536355 . 1 . . 1 . 1 . . .
#> chr1-3537510-3538045 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-3540009-3542500 . 1 1 . 1 1 . 1 . .
#> chr1-3546738-3547139 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3565942-3569718 . 1 1 . 1 . . . 1 .
#> chr1-3585229-3585878 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3593401-3595956 . . . . 1 . . 1 1 .
#> chr1-3612122-3612609 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3640902-3641383 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3662633-3664352 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-3688192-3690359 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-3692008-3692971 . . . . . . . . . .
#> chr1-3703815-3704555 . . . . 1 . . . 1 1
#> chr1-3710108-3710711 . 1 . . 1 . . . . .
#> chr1-3712392-3713775 . 1 1 . 1 . . . . 1
#> chr1-3759680-3759895 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3773000-3774956 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-3799784-3800744 . . . 1 . . . . . 1
#> chr1-3806419-3808097 . 1 . 1 1 . . . . .
#> chr1-3815928-3820356 . . . 1 1 . . 1 . .
#> chr1-3827263-3827968 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3838659-3839297 1 . . . . . . . . 1
#> chr1-4066997-4068144 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-4712641-4713007 . . . . . . . 1 . .
#> chr1-5448721-5449698 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-5541924-5542287 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-5726874-5727812 . . . . . . . . . .
#> chr1-6051145-6055407 . . 1 1 1 1 . . . 1
#> chr1-6061422-6063389 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-6065317-6066074 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-6072846-6073562 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6074646-6075340 . 1 1 . 1 . . 1 . .
#> chr1-6085254-6089147 . . 1 . 1 . . 1 1 .
#> chr1-6094452-6094929 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6112490-6113074 . 1 . . 1 . . . . .
#> chr1-6115973-6117096 . . 1 . 1 . . . . .
#> chr1-6118667-6119050 . . . . . . . . . .
#> chr1-6158309-6158535 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6159426-6161621 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-6187544-6188439 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-6208425-6209293 . . . . . . 1 . . 1
#> chr1-6258846-6260407 . 1 . . 1 1 . 1 . .
#> chr1-6264890-6266821 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6268667-6270086 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-6295272-6296706 1 . . . 1 . . . . .
#> chr1-6304964-6307369 1 . . 1 1 1 . . . 1
#> chr1-6319594-6322140 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6403422-6403936 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6407925-6409601 . . . . 1 . . . 1 .
#> chr1-6418151-6420435 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-6425029-6425683 . . . . . . . . . .
#> chr1-6452328-6454679 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-6461699-6462218 1 . . . . . . . . .
#> chr1-6464664-6465176 . . . . . . . . . .
#> chr1-6474354-6474772 . . . . . 1 . . . .
#> chr1-6483424-6485428 . . . 1 1 . . 1 . .
#> chr1-6497838-6498680 . . . 1 1 . 1 . 1 .
#> chr1-6500054-6501132 . . . . . . . . . .
#> chr1-6507013-6510383 . . . 1 1 1 . . . .
#> chr1-6514584-6515741 . . . . . . . . 1 .
#> chr1-6519517-6521256 . 1 1 1 1 1 . . . .
#> chr1-6523645-6526848 . . . 1 1 1 . 1 . .
#> chr1-6535328-6536188 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6545462-6547152 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6549536-6551487 . . . 1 1 . . 1 . .
#> chr1-6557001-6558057 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6613890-6615140 1 . . 1 . . . . . 1
#> chr1-6639159-6642773 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-6651141-6652061 . . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-6659264-6664388 . . 1 . 1 . 1 1 1 .
#> chr1-6672613-6675785 . . . 1 1 1 . . . .
#> chr1-6684553-6686243 1 . . 1 1 . . . . .
#> chr1-6706469-6707017 . . . . . . . . . .
#> chr1-6761132-6762608 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6779996-6780494 . . . . . . . . . .
#> chr1-6787479-6787943 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-6801917-6804384 1 1 . . 1 . . . . 1
#> chr1-6843960-6846894 . . . . 1 1 1 . . 1
#> chr1-6949969-6950349 . . . . . . . 1 . .
#> chr1-7022276-7023784 . . . 1 1 . 1 . . .
#> chr1-7727502-7728223 . . . . . . . . . .
#> chr1-7729458-7730117 . . 1 . 1 . . . . .
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#> chr1-3481736-3482215 . 1 . . 1 . 1 1 . .
#> chr1-3513943-3514649 . . . . 1 . 1 . . .
#> chr1-3527180-3529385 . 1 1 . 1 1 1 . . .
#> chr1-3535177-3536355 . 1 . . 1 . 1 . . .
#> chr1-3537510-3538045 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-3540009-3542500 . 1 1 . 1 1 . 1 . .
#> chr1-3546738-3547139 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3565942-3569718 . 1 1 . 1 . . . 1 .
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#> chr1-3593401-3595956 . . . . 1 . . 1 1 .
#> chr1-3612122-3612609 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-3640902-3641383 . . . . 1 . . . . .
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#> chr1-3692008-3692971 . . . . . . . . . .
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#> chr1-7812830-7814063 . . . 1 1 . . . . .
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#> chr1-7841489-7844891 1 1 1 . 1 1 . 1 . 1
#> chr1-7846855-7847243 . . . . . . . . . .
#> chr1-7962633-7963232 . . . . . . . . . .
#> chr1-7975875-7976274 . . . . . . . 1 . .
#> chr1-7989680-7991862 1 1 1 1 1 . . . . 1
#> chr1-8000672-8003534 1 1 1 . 1 . . . . .
#> chr1-8008972-8009703 . . 1 . 1 . . . . .
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#> chr1-8020317-8022548 . . . . . . . . . 1
#> chr1-8035301-8035725 . . . . 1 1 . . . 1
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#> chr1-8075007-8075497 . . 1 . . . . . . .
#> chr1-8085460-8087248 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-8156770-8157834 . 1 . . . . . . 1 .
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#> chr1-8212306-8213910 . 1 1 . 1 . . . . 1
#> chr1-8227330-8227690 . . . . . . . . . .
#> chr1-8229422-8230556 . 1 1 . 1 . . 1 . .
#> chr1-8242128-8243255 . 1 1 1 . . 1 . . 1
#> chr1-8277105-8277928 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-8278622-8279253 . . . . . . . . . .
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#> chr1-8498906-8499422 . . 1 . 1 . . . . .
#> chr1-8523212-8523742 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-8555950-8557971 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-8570017-8570771 . . . 1 . . . . . .
#> chr1-8580547-8580902 . . . . . . . . . .
#> chr1-8584964-8586531 . 1 . 1 1 . . . . 1
#> chr1-8621060-8621547 . 1 1 . 1 . . . . .
#> chr1-8685625-8685837 . . . . . . . . . .
#> chr1-8689375-8690307 . . 1 . 1 . . . . .
#> chr1-8723942-8724565 1 . . 1 1 . . 1 . 1
#> chr1-8760958-8762003 1 1 1 . . . . . . .
#> chr1-8762907-8763964 . . . . . . . . . 1
#> chr1-8772445-8773223 . . . . . . . . . .
#> chr1-8786544-8786946 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-8876634-8878709 . . . 1 1 . . 1 . .
#> chr1-8918082-8920107 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-8931013-8932013 . . 1 . 1 . . . 1 .
#> chr1-8933459-8934461 . . . . 1 1 . . . .
#> chr1-8935313-8940649 . . . 1 1 1 1 1 . .
#> chr1-8951785-8952241 . 1 1 . . . . . . .
#> chr1-8959709-8960452 . . . . . . . . . .
#> chr1-8978053-8978591 . 1 . . . . . . . .
#> chr1-8986755-8987690 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-9006466-9007566 . . . . . . . . . .
#> chr1-9030034-9031614 1 . . . 1 . . . . .
#> chr1-9046821-9047245 . . . . . . . . . .
#> chr1-9047790-9048521 . . 1 . 1 . 1 . . .
#> chr1-9064752-9065614 . . . . 1 . . . . 1
#> chr1-9070978-9072039 . . . . . . . . . 1
#> chr1-9129476-9130126 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-9134957-9135502 . 1 . 1 . . . . . .
#> chr1-9143106-9143741 1 . . . . . . . . .
#> chr1-9153374-9153983 . . . . . . . . . .
#> chr1-9161610-9161990 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-9170725-9171256 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-9181580-9182573 . 1 1 . 1 . . . . .
#> chr1-9188154-9190941 1 . . . 1 . . 1 . .
#> chr1-9191514-9192075 . . . . . . . 1 . .
#> chr1-9202229-9203756 . . . . 1 1 . . . 1
#> chr1-9222989-9224547 . 1 . 1 . . . . . .
#> chr1-9239865-9240117 . . . . . . . . . .
#> chr1-9241288-9242647 . . . 1 1 . . . . .
#> chr1-9256287-9256980 . . . . . . . . . 1
#> chr1-9293115-9295644 . . . . 1 . . . 1 .
#> chr1-9299648-9300348 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-9327071-9327557 . . . . . . . . . .
#> chr1-9335457-9336176 . . . . 1 . . . . .
#> chr1-9349019-9350779 . . . . 1 . 1 . . 1
#> chr1-9352328-9354391 . . . 1 1 1 . . . .