Genome bin matrix

Construct a bin x cell matrix from a fragments file.

GenomeBinMatrix(
  fragments,
  genome,
  cells = NULL,
  binsize = 5000,
  process_n = 2000,
  sep = c("-", "-"),
  verbose = TRUE
)

Arguments

fragments

Path to tabix-indexed fragments file or a list of Fragment objects

genome

A vector of chromosome sizes for the genome. This is used to construct the genome bin coordinates. The can be obtained by calling seqlengths on a BSgenome-class object.

cells

Vector of cells to include. If NULL, include all cells found in the fragments file

binsize

Size of the genome bins to use

process_n

Number of regions to load into memory at a time, per thread. Processing more regions at once can be faster but uses more memory.

sep

Vector of separators to use for genomic string. First element is used to separate chromosome and coordinates, second separator is used to separate start and end coordinates.

verbose

Display messages

Value

Returns a sparse matrix

Details

This function bins the genome and calls FeatureMatrix to construct a bin x cell matrix.

Examples

# \donttest{
genome <- 780007
names(genome) <- 'chr1'
fpath <- system.file("extdata", "fragments.tsv.gz", package="Signac")
fragments <- CreateFragmentObject(fpath)
#> Computing hash
GenomeBinMatrix(
  fragments = fragments,
  genome = genome,
  binsize = 1000
)
#> Extracting reads overlapping genomic regions
#> 781 x 54 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 54 column names ‘AAAGATGAGGCTAAAT-1’, ‘AAACTCGTCTGGCACG-1’, ‘AAACTGCAGTCTGTGT-1’ ... ]]
#>                                                                               
#> chr1-1-1000        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-1001-2000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-2001-3000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-3001-4000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-4001-5000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-5001-6000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-6001-7000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-7001-8000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-8001-9000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-9001-10000    . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-10001-11000   1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-11001-12000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-12001-13000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-13001-14000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-14001-15000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-15001-16000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-16001-17000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-17001-18000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-18001-19000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-19001-20000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-20001-21000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-21001-22000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-22001-23000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-23001-24000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-24001-25000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-25001-26000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-26001-27000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-27001-28000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-28001-29000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-29001-30000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-30001-31000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-31001-32000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-32001-33000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-33001-34000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-34001-35000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-35001-36000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-36001-37000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-37001-38000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-38001-39000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-39001-40000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-40001-41000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-41001-42000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-42001-43000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-43001-44000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-44001-45000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-45001-46000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-46001-47000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-47001-48000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-48001-49000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-49001-50000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-50001-51000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-51001-52000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-52001-53000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-53001-54000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-54001-55000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-55001-56000   . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-56001-57000   . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-57001-58000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-58001-59000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-59001-60000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-60001-61000   . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-61001-62000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-62001-63000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-63001-64000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-64001-65000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-65001-66000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-66001-67000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-67001-68000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-68001-69000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-69001-70000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-70001-71000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-71001-72000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-72001-73000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-73001-74000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-74001-75000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-75001-76000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-76001-77000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-77001-78000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-78001-79000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-79001-80000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-80001-81000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-81001-82000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-82001-83000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-83001-84000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-84001-85000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-85001-86000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-86001-87000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-87001-88000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-88001-89000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-89001-90000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-90001-91000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-91001-92000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-92001-93000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-93001-94000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-94001-95000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-95001-96000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-96001-97000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-97001-98000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-98001-99000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-99001-100000  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-100001-101000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-101001-102000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-102001-103000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-103001-104000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-104001-105000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-105001-106000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-106001-107000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-107001-108000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-108001-109000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-109001-110000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-110001-111000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-111001-112000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-112001-113000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-113001-114000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-114001-115000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-115001-116000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-116001-117000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-117001-118000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-118001-119000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-119001-120000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-120001-121000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-121001-122000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-122001-123000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-123001-124000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-124001-125000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-125001-126000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-126001-127000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-127001-128000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-128001-129000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-129001-130000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-130001-131000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-131001-132000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-132001-133000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-133001-134000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-134001-135000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-135001-136000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-136001-137000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-137001-138000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-138001-139000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-139001-140000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-140001-141000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-141001-142000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-142001-143000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-143001-144000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-144001-145000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-145001-146000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-146001-147000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-147001-148000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-148001-149000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-149001-150000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-150001-151000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-151001-152000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-152001-153000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-633001-634000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-634001-635000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-635001-636000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-636001-637000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-637001-638000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-638001-639000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-639001-640000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-640001-641000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-641001-642000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-642001-643000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-643001-644000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-644001-645000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-712001-713000 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-713001-714000 . . . 2 . . 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
#> chr1-714001-715000 2 1 . 1 1 . 1 3 1 1 1 . 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1
#> chr1-715001-716000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-777001-778000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-778001-779000 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-779001-780000 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-780001-780007 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>                                                                   
#> chr1-1-1000        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-1001-2000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-2001-3000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-3001-4000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-4001-5000     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-9001-10000    . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-13001-14000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-14001-15000   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-566001-567000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-567001-568000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-568001-569000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-715001-716000 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-720001-721000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-747001-748000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-748001-749000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-749001-750000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-750001-751000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-751001-752000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-752001-753000 . . . . . . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
#> chr1-753001-754000 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> chr1-754001-755000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-755001-756000 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> chr1-756001-757000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-757001-758000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-759001-760000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-760001-761000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-761001-762000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-762001-763000 . 1 . . . . 2 . 1 . . 1 . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
#> chr1-763001-764000 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-764001-765000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-765001-766000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-766001-767000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-767001-768000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-768001-769000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> chr1-769001-770000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-777001-778000 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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#> chr1-779001-780000 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> chr1-780001-780007 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
# }